Efsaneye göre Apollon'un oglu olan Karya Krali Miletos'un biri erkek biri kiz olmak üzere ikiz çocuklari dünyaya gelir. Erkek olana Kaunos, kiz olana Byblis adi verilir. Ikizler birbirini çok sever. Byblis'in erkek kardesine olan sevgisi o kadar büyüktür ki, onu biran görmese huzuru kaçar. Byblis'in bu sevgisi artik kardes sevgisini asmaya baslamistir. Bir gün Byblis dayanamaz, kardesine bir mektup yazar ve sevgisini açiklar. Bu durumu ögrenen Kaunos çok üzülür ve utanç duyar, en çikar yolun kenti terk etmek olduguna karar verir ve yandaslarindan bir grup ile beraber, bugün kalintilarini gördügümüz Kaunos kentinin bulundugu yere gelir. Ve burada bir kent kurarak kente kendi adini verir. Byblis ise bir daha ikiz kardesini görememenin üzüntüsü ile çilgina döner, onu aramak için daglara dogru kosar, gözyaslari sel gibidir. Kardesini bulamayacagini anlayan Byblis, hayatina son vermek ister ve yüksek bir kayanin üzerinden kendini atar. Nympeler (Su Kaynagi Tanriçalari) ona acir ve Byblis'i bir pinara dönüstürürler. Efsane bu ya, derler ki, Calbis Nehri ( Dalaman Çayi ) Byblis'in gözyaslarindan olusmaktadir.
Kaunos antik kentinin kurulusu M.Ö. 10.yy kadar dayanmaktadir. Kentte Profesör Cengiz Isik baskanliginda arkeolojik kazilar devam etmekte. Arastirmalar sonucunda Kaunos'ta Klasik, Helenistik, Roma ve Bizans dönemlerine ait kalintilar bulunmus.
Antik çagda önemli bir liman konumunda olan sehir, Dalyan Deltasinin olusmasi nedeniyle bugün deniz kiyisindan uzaklasmistir. Antik çagin önemli cografyacisi Strabon (Skylaks) "Kaunos kiyidadir ve Calbis yaninda akar." demistir. Kaunos cografi durumu göz önüne alindiginda Karye'nin güney kiyisinda Rodos'un karsisindadir. Çevresi, kuzeyde Menderes ovasina açilan daglarla, bati yönde ise denize bakan Kaya mezarlari ve vadileriyle Karye'nin öteki kisimlarindan ayrilmis, yüzünü doguya ve güneydeki Likya'ya çevirmistir.
Kaunos'un Karya-Likya sinirinda kuruldugu söyleniyor. Antik Kaunos Kenti, denizden 152 m. yükseklikte Akropol is ile onun güneybatisindaki, yüksekligi yaklasik 50 m. olan Küçük Kale ve bu iki tepenin kuzeybati eteklerinin olusturdugu denize bir dil gibi uzanan yarim ada üzerine kurulmustur. Arkaik ve Erken Klasik Çaglarda Kaunos, Akropol is ve Küçük Kale'nin sirtlarinda geçen surlar ile sehrin ortasinda, Agora'daki Vespasian Çesmesi'nin 30 m. güneydogusunda açiga çikartilan sur duvarlarinin arasindaki çanak içinde bulunuyordu. Sehrin iskan bölgesinin henüz yeterince kazilmis olmamasi, sehir plani hakkinda yeterli bilgiyi vermiyor. Ancak Hekatomnidler Dönemi'nde genisletilen sehrin bir teraslar sehri oldugu açiktir. Takip eden dönemlerde, önceki teraslar onarilarak kullanilmaya devam ederken, yeni ve büyük teraslarda insa edilmis.
KAUNOSUN SIYASI TARIHI
"...Iyonya'ya bas egdiren Harpagos, Karyalilar, Kaunos'lular ve Likyalilar üzerine yürüdü.." der Herodot. Geçmisi M.Ö 10.yy kadar uzanan Kaunos kenti ilk kez Herodot'un tarih kitabinda görülür. Kaunos Perslerin Güneydogu Anadolu'yu ilk istilasi sonrasi Pers idaresine girmistir. Persler iç islerine karismamislar ve fazla vergi almamislar. Buda kentin çabuk kalkinmasina neden olmustur.
M.Ö. 387 yilinda Hellenler ile imzalanan Kral Barisindan sonra Kaonus, kendilerini Pers Satraplari olarak tanimlayan yerel bir sülalenin, Hekatomindler Sülalesinin yönetimi altina girmistir. Asya' nin Büyük Iskender tarafindan istila edilmesi ile Persler'in bölgedeki yönetimi sona ermistir. Büyük Isken derin M.Ö. 323 yilinda ölmesi üzerine yeni Satraplik dagiliminda Karya'nin Asandors'a verilmesi üzerine Kaunos, Rodoslular ile birlikte hareket etmis ve Anadolu kiyisinda ki ve kiyiya yakin sehirlerini içine alan Rodos Periasi'na dahil olmustur. Kent, M.Ö. 3 yy'da sürekli olmasa da Ptolemaioslar'in yönetiminde kalmistir. Ptolemaioslar'in bu hakimiyeti M.Ö 288-287 yilina tarihlenen Lmyra'da bulunmus bir karar yaziti ile teyit edilmektedir. Kaunos'un Rodos'a karsi M.Ö. 167 yilinda ki isyani sonrasi kent, Roma Senatosu karari ile Rodos hegemonyasindan kurtulmus, bagimsizligini kazanmistir. M.Ö. 88 yilinda ki Mithridates savasindan sonra Romalilar Kaunos'u Rodos'un idaresinde birakmislardir. Çok geçmeden ( M.Ö. 84-81 ) Rodos'un idaresinden kurtulmus olan kent, artik Roma'nin Asya eyaletine bagli sehirlerinden biri olmustur. Kentin Hiristiyanlik çaginda uzun ve önemli bir tarihi geçmisi vardir. Genç Antik dönemden baslayarak Orta Çagin içlerine kadar Dogu Roma ve Likya kilisesi eyaletine bagli kalmistir. Kent iki Bisof ( Hiristiyan aleminin en yüksek rütbeli din adami ) ile temsil ediliyordu. Bu dönemle birlikte kent artik iki isimle anilmaktadir. Kaunos-Hagia.
Gittikçe bir köy kimligine bürünen Kaunos, 13. yy 'in üçüncü çeyreginden itibaren bölgeye hakim olan Uçtürkler'in 15. yy'in baslarindan itibaren ise Mentesogullari'nin hakimiyeti altindadir. Fatih Sultan Mehmet zamanin da, Mentese Beyligi'nin de ortadan kalkmasi ile tüm Bati Anadolu, Osmanli idaresine girmistir.